Isu-isu strategis yang terjadi di suatu daerah merupakan bagian penting dalam menentukan kebijakan dalam pembangunan daerah. Untuk memperoleh isu-isu strategis diperlukan analisis terhadap berbagai fakta dan informasi kunci yang telah diidentifikasi untuk dipilih menjadi isu strategis. Selain identifikasi isu strategis, permasalahan yang dihadapi juga harus dikedepankan untuk mencari alternatif solusi dalam kebijakan pembangunan daerah. Analisis isu strategis dan identifikasi permasalahan yang dirumuskan dalam RPJMD Kabupaten Kutai Timur menjadi bahan rujukan dalam menentukan kebijakan strategis pembangunan daerah Kabupaten Kutai Timur selama 5 (lima) tahun.
Tahapan pencapaian visi, misi, tujuan dan sasaran pembangunan Kabupaten Kutai Timur dalam kurun waktu 5 (lima) tahun pada periode tahun 2016-2021 yaitu :
1. Tahun 2016 : Peningkatan Pelayanan Dasar dan Infrastruktur
2. Tahun 2017 : Peningkatan Pelayanan Dasar dan Infrastruktur Pedesaan
3. Tahun 2018 : Peningkatan Produksi Pangan dan Komoditas Unggulan
4. Tahun 2019 : Pemantapan Produksi Pangan dan Komoditas Unggulan
5. Tahun 2020 : Peningkatan Nilai Tambah Komoditas Unggulan
6. Tahun 2021 : Penciptaan Produk Unggulan yang Memiliki Daya Saing
Sejalan dengan tema permasalahan dan isu strategis yang berkembang, serta dalam rangka mendukung prioritas pembangunan nasional 2019 maka tema program pembangunan pada RKPD Kabupaten Kutai Timur Tahun 2019 adalah Peningkatan Produksi Pangan dan Komoditas Unggulan.
Oleh karena itu, penekanan program pembangunan Kabupaten Kutai Timur yaitu meningkat pembangunan secara menyeluruh diberbagai bidang dengan titik penekanan pada penguatan pelayanan dasar dan infrastruktur dalam upaya pencapaian daya saing kompetitif perekonomian berbasis agribisnis berdasarkan keunggulan sumber daya alam dan sumber daya manusia yang berkualitas. Hal ini untuk memastikan bahwa Kabupaten Kutai Timur memiliki landasan pembangunan yang mantap guna menuju pencapaian perekonomian yang kuat, inklusif dan berkelanjutan.
Prioritas pembangunan Kabupaten Kutai Timur diarahkan ke dalam tiga kata kunci, yaitu 1) Desa Membangun, 2) Daya Saing Agribisnis dan Agroindustri, dan 3) Kemandirian yang diterjemahkan sebagai Desa Mandiri. Pencapaian tiga aspek ini memerlukan fokus yang memungkinkan pencapaian secara terencana dan terpadu. Berdasarkan pada tema pembangunan Kabupaten Kutai Timur tahun 2019, penjabaran dari tiga aspek tersebut sebagai berikut:
Tantangan pembangunan kesehatan dan permasalahan kesehatan makin bertambah berat, kompleks dan bahkan terkadang tak terduga. Pembangunan kesehatan di Kabupaten Kutai Timur diarahkan untuk meningkatkan kesadaran, kemauan dan kemampuan hidup sehat bagi setiap orang agar peningkatan derajat kesehatan masyarakat yang setinggi – tingginya dapat terwujud. Berbagai upaya peningkatan aksesibilitas dan kualitas pelayanan kesehatan di Kutai Timur, dimaksudkan untuk menyelenggarakan pelayanan kesehatan yang prima, merata di setiap wilayah, berkeadilan di setiap strata sosial ekonomi masyarakat, yang dilakukan dengan pendekatan kuratif, preventif, dan promotif sebagai pondasi pembangunan ekonomi berbasis agrobisnis yang berkelanjutan.
Pembangunan pendidikan merupakan prasyarat kunci bagi pertumbuhan sektor – sektor pembangunan lainnya, termasuk pembangunan ekonomi berbasis agrobisnis dan agroindustri. Peningkatan aksesibilitas dan kualitas pendidikan dimaksudkan untuk menyelenggarakan pelayanan pendidikan yang berkualitas, berkeadilan, berkesinambungan di tiap jenjang, serta mampu menyiapkan lulusan yang memenuhi kesempatan kerja yang dibutuhkan oleh pasar tenaga kerja, sesuai tuntutan perubahan kehidupan lokal, nasional, maupun global.
Hubungan antar wilayah pedesaan dan perkotaan yang tidak berimbang telah menimbulkan berbagai permasalahan, baik di pedesaan maupun di perkotaan. Kesenjangan pengembangan kawasan perdesaan dimaksudkan untuk memperhatikan simpul-simpul pertumbuhan ekonomi. Untuk itu desa harus didorong menjadi kawasan yang tidak hanya menghasilkan bahan primer, melainkan juga mampu menghasilkan bahan-bahan olahan atau industri hasil pertanian. Agenda peningkatan pembangunan wilayah Perdesaan, dimaksudkan untuk menghadapi dua kendala utama yaitu masih rendahnya kualitas sumberdaya manusia dan kualitas atau ketersediaan infrastruktur wilayah.
Investasi infrastrurktur merupakan salah satu strategi pembangunan dengan tujuan peningkatan akses terhadap kebutuhan dasar masyarakat dan juga merupakan salah satu faktor yang berperan penting dalam peningkatan daya saing daerah. Walaupun pengeluaran dalam bidang infrastruktur telah ditingkatkan, kesenjangan infrastruktur masih terasa, baik di tingkat kecamatan maupun antar desa.