Sebagai pelaksanaan ketentuan Undang-Undang Nomor 9 Tahun 2015 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah, Pemerintah telah menetapkan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 tentang Perangkat Daerah yang memuat pengaturan tentang Perangkat Daerah, Pembentukan Perangkat Daerah yang didasarkan kriteria tipelogi perangkat berdasarkan hasil pemetaan urusan pemerintah dengan variabel umum dan variabel teknis.
Berdasarkan hal tersebut, Pemerintah Kabupaten Kutai Timur melalui Peraturan Daerah Kabupaten Kutai Timur Nomor 10 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah pada Bab III (Pasal 3) dengan susunan sebagai berikut :
a. Sekretariat Daerah;
b. Sekretariat DPRD;
c. Inspektorat Daerah;
d. Dinas Daerah;
e. Badan;
f. Kecamatan;
g. Kelurahan;
Susunan Perangkat Daerah tersebut terdiri dari 3 asisten, 12 bagian, 1 Inspektorat Daerah, 27 dinas, 7 kantor/badan,18 Kecamatan dan 2 Kelurahan.
Sesuai dengan Peraturan Daerah Nomor 10 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kutai Timur yang secara kedudukan, susunan organisasi, tugas danfungsi serta tata kerja Perangkat Daerah dan Unit Kerja dibawahnya selanjutnya diatur dalam Peraturan Bupati Nomor 21 Tahun 2016 dan diperbaharui dalam Peraturan Bupati Nomor 40 Tahun 2019 maka Sekretariat Daerah merupakan unsur pelaksana otonomi Daerah di Bidang Sekretariat Daerah Kabupaten Kutai Timur yang dipimpin oleh seorang Sekretaris Daerah yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati dan mempunyai tugas membantu Bupati dalam menyusun kebijakan dan pengordinasian administrative terhadap pelaksanaan tugas Perangkat Daerah serta pelayanan administratif.
Sektretaris Daerah Kabupaten Kutai Timur dibantu oleh 3 asisten dan 12 bagian yaitu :
Sesuai dengan Peraturan Bupati Nomor 25 Tahun 2016, Sekretariat DPRD Kabupaten Kutai Timur merupakan unsur pelayanan administrasi dan pemberian dukungan terhadap tugas dang fungsi DPRD, dipimpin oleh seorang Sekretaris DPRD yang dalam melaksanakan tugasnya secara teknis operasional berada dibawah dan bertanggungjawab kepada pimpinan DPRD dan secara administratif bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah.
Sesuai dengan Peraturan Daerah Nomor 10 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, Dinas merupakan unsur pelaksanaan Pemerintah Kabupaten dipimpin oleh seorang kepala yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui desentralisasi dan dapat ditugaskan untuk melaksanakan penyelenggaraan wewenang yang dilimpahkan oleh Pemerintah kepada Bupati selaku wakil pemerintah dalam rangka dekonsentrasi. Organisasi Dinas Kabupaten Kutai Timur terdiri dari:
| 1. | Dinas Kependudukan dan Pencatatan Sipil | 15. | Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa |
| 2. | Dinas Kesehatan | 16. | Dinas Koperasi dan UKM |
| 3. | Dinas Pendidikan | 17. | Dinas Perindustrian dan Perdagangan |
| 4. | Dinas Pertanian | 18. | Dinas Penanaman Modal dan Pelayanan Terpadu Satu Pintu |
| 5. | Dinas Perkebunan | 19. | Dinas Tenaga Kerja dan Transmigrasi |
| 6. | Dinas Ketahanan Pangan | 20. | Dinas Satuan Polisi Pamong Praja |
| 7. | Dinas Kelautan dan Perikanan | 21. | Dinas Kebudayaan |
| 8. | Dinas Sosial | 22. | Dinas Pariwisata |
| 9. | Dinas Pekerjaan Umum | 23. | Dinas Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana |
| 10. | Dinas Perumahan dan Kawasan Permukiman | 24. | Dinas Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak |
| 11. | Dinas Pertanahan dan Penataan Ruang | 25. | Dinas Pemadam Kebakaran dan Penyelamatan |
| 12 | Dinas Komunikasi dan Informatika, Persandian dan Statistik | 26. | Dinas Perhubungan |
| 13 | Dinas Perpustakaan dan Kearsipan | 27 | Dinas Lingkungan Hidup |
| 14 | Dinas Kepemudaan dan Olahraga |
Sesuai dengan Peraturan Bupati Nomor 27 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Badan Daerah Kabupaten Kutai Timur, maka Badan Daerah merupakan unsur penunjang urusan Pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah, yang dipimpin oleh Kepala Badan Daerah yang berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah.
Susunan Badan Daerah Kabupaten Kutai Timur terdiri dari:
1. Badan Perencanaan Pembangunan Daerah
2. Badan Pengelola Keuangan dan Aset Daerah
3. Badan Pendapatan Daerah
4. Badan Kepegawaian, Pendidikan dan Latihan
5. Badan Penelitian dan Pengembangan
6. Badan Kesatuan Bangsa dan Politik
7. Badan Penanggulangan Bencana Daerah
Sesuai Peraturan Bupati Nomor 29 Tahun 2016 kecamatan merupakan unsur Perangkat Daerah yang bersifat kewilayahan yang dibentuk dalam rangka meningkatkan koordinasi penyelenggaraan pemerintahan, pelayanan publik, dan pemberdayaan masyarakat desa dan kelurahan. Kecamatan dipimpin oleh Camat yang berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Kabupaten Kutai Timur terdiri dari 18 (delapan belas) Kecamatan.
Sesuai Peraturan Bupati Nomor 29 Tahun 2016, Kelurahan mempunyai tuga menyelenggarakann urusan pemerintahan, pemberdayaan dan pelayanan masyarakat serta ketentraman dan ketertiban umum dalam satu wilayah kelurahan yang berada di wilayah kerja kelurahan. Kelurahan dipimpin oleh seorang Lurah yang mempunyai tugas membantu Camat. Adapun jumlah kelurahan di Kabupaten Kutai Timur sebanyak 2 Kelurahan.